Tahun 1984 AKS III Surakarta dengan segenap pengurus YPPK, staf pengajar, staf administrasi dan taruna, eksodus ke Cilacap. Pada tanggal 14 Februari 1985 dihadapan notaris YPPK membuat akte notaris baru. Nama Akademi berganti dari Akademi Maritim Swasta (AKS) III Surakarta menjadi AKADEMI MARITIM NUSANTARA (AMN).
Sejak berganti nama pada 14 Februari, AMN memulai kiprahnya dalam dunia pendidikan tinggi di Cilacap. AMN menjadi satu-satunya Akademi Maritim yang berada di Cilacap dan bernaung di bawah YPPK. Namun dalam perjalanan, keberadaan YPPK mengalami pasang surut sehingga pada 1988 dilakukan merger dengan Yayasan Sosial Bina Sejahtera (YSBS) Cilacap. Dalam merger tersebut disepakati bahwa YPPK terdiri dari Badan Pendiri dan Badan Pengurus. Kesepakatan ini tertuang dalam Akte Perubahan yang diterbitkan oleh Notaris Endang Soedarwati, SH, Nomor 22 tanggal 10 Februari 1988.
Berlandas pada Peraturan Pemerintah yang dituangkan dalam PP Nomor 63 tahun 2008 tentang pelaksanaan UU Yayasan, maka kepengurusan Yayasan disempurnakan oleh Notaris dan Pejabat pembuat akte tanah Yudha Setyagraha Tedianto, SH, MM, M.Kn Nomor 27. Penyempurnaan tersebut dilakukan pada tanggal 31 Januari 2011 dengan terlebih dahulu mendaftarkan YPPK pada Departemen Hukum dan HAM Republik Indonesia. Perubahan pengurus Yayasan ini tidak mempengaruhi eksistensi dan keberlanjutan Akademi Maritim Nusantara, namun justru berpengaruh pada kinerja dan pengembangan Akademi Maritim Nusantara selanjutnya.
Hingga saat ini AMN menyelenggarakan pendidikan tinggi jenjang Diploma III (D-III) yang terdiri dari 3 (tiga) Program Studi yaitu Program Studi Teknika (TMK), Program Studi Pengelolaan Pelabuhan (PP) dan Program Studi Nautika (NTK). Ketiga program studi tersebut telah terakreditasi oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) dan Direktorat Jendral Pendidikan Tinggi (DIKTI) dengan nilai B (BAIK). Akademi Maritim Nusantara Cilacap juga sudah terakreditasi B oleh BAN-PT serta sudah mendapatkan approval dari Direktorat Jenderal Perhubungan Laut.
